【求助】如何检测某个菌属引物的特异性

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入门站友

1楼

这个帖子发布于7年零315天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。

问题已解决悬赏丁当:2

急急急····各位前辈，我已经在文献中找到几个菌属的特异性引物，有双歧杆菌属，拟杆菌属，乳杆菌属等，这些引物都是根据16 SrDNA设计的，但是由于PUBMED里面都是某个菌株的16 SrDNA序列，我怎么知道这些引物的特异性，怎么查找这些引物对应的序列呢？

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2013-04-23 19:23 浏览 : 4263 回复 : 10

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hr微生物

丁香园准中级站友

2楼

满意答案

你的意思是说pumed里面只是其中一个菌株，而不是一个种的序列，所以不知道你设计的引物合不合适对吧？ucsc microb你可以上网搜搜，有最关键的几种微生物的全基因组，其实只要是管家基因什么的，都是比较保守的，但是不要太保守那种，跨越了几个物种都是。你进去那个网站，有一个blast P你就可以看看你的引物是不是特异了，一般来说，你只要设计长一些，还是挺特异的。ps：设计完引物，无论你觉得是不是特异，还是得实验说了算，所以最好设计几对，一起尝试，这样的结果更加有说服力，比如，你确定一个物种，不是通过一对引物，而是通过四条引物，必须全部P出来，才作为阳性，那么这样的结果的真实性就更好了，但是太多又会提高假阴性的出现，这个时候，你就可以argue一下啦，确定，比如说3对引物最好，兼顾了准确性和假阴性（就是本来他是这个菌，但是他4对引物只是出来2对，你误判为不是），这样你的文章就比较有逻辑性啦。祝你好运。

2013-04-24 15:16